1、選擇適合于待分離微生物的生長條件，如營養，酸堿度，溫度和氧等要求或加入某種抑制造成只剩于該微生物生長，而抑制其他微生物生長的環境，從而淘汰一些不需要的微生物。2、微生物在固體培養基上生長形成的單個菌落可以是由一個細胞繁殖而成的集合體。

分離技術主要是稀釋和選擇培養。稀釋是在液體中或在固體表面上高度稀釋微生物群體，使單位體積或單位面積僅存留一個單細胞，并使此單細胞增殖為一個新的群體。

最常用的為平板劃線法。如果所要分離的微生物在混雜的微生物群體中數量極少或者增殖過慢而難以稀釋分離時，需要結合使用選擇培養法，即選用僅適合于所要分離的微生物生長繁殖的特殊培養條件來培養混雜菌體，改變群體中各類微生物的比例，以達到分離的目的。為保證分離到的微生物是純培養，分離時必須用。

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